Kanal İstanbul için en uygun olan güzergâhın ilk noktası Küçükçekmece Gölü. Evsel atık ve ağır metallerin kirlettiği göl, içme suyu amaçlı kullanılmadığı için devre dışı bırakılmasında bir problem bulunmuyor. Ayrıca Sazlıdere Barajı ile Küçükçekmece Gölü arasında bulunan Sazlıdere Vadisi, göl ile baraj arasında açılacak kanal için çalışma yapmaya uygun bir alan oluşturuyor. Yükseltisi çok fazla olmayan bu alanda istimlak problemi yok.

Projeyle Sazlıdere Barajı da devredışı kalacak, ancak Melen Çayı`ndan su geliyor olması nedeniyle İstanbul`da su problemi yaşanması beklenmiyor. Sazlıdere Barajı`nın bütün rezerv alanını kullanarak devam edecek Kanal İstanbul, bu derin vadiden Boyalık ve Baklalı bölgelerine yöneliyor. Maksimum rakımın 30 metre olduğu bu bölgede yine vadilerden ve dere yataklarından ilerleyecek olan kanalın güzergâhında önemli bir yerleşim bulunmazken kısmen tarım arazileri yer alıyor. Güzergâhın bir diğer avantajı, yol üzerinde hiç orman arazisi bulunmaması. Kanal üçüncü havalimanının hemen yanında bitiyor.

25 metre derinlikte ve 150 metre genişlikteki Kanal İstanbul Projesi`nin en önemli istimlak ve kamulaştırma çalışması, -son anda bir değişiklik olmazsa- Küçükçekmece Gölü ile Sazlıdere Barajı arasında kalan Başakşehir ilçesinin Altıntepe, Güvercintepe ve Şahintepe mahallelerinde gerçekleştirilecek.