Savcı Muammer Akkaş'ın 'Takibi sonlandırın' talimatı verdiği 17 Aralık'ta sistemde görünen ses kayıtları ve bilgiler, kurumda tasfiyeler başladığında bilinmeyen kişiler tarafından önce kopyalandı, sonra geri dönüştürülemeyecek şekilde silindi.
Yenişafak'ın haberine göre; basın organları, emniyet ve yargıda yapılan temizliğin ardından 25 Aralık soruşturmasıyla ilgili suç delilerinin ortadan kaybolduğunu ileri sürmüştü. 25 Aralık soruşturmasıyla ilgili emniyet sistemi ve arşivlerinde bulunan tüm belgelerin soruşturmayı yürüten polislerce çalındığı resmi yazışmalarla belgelendi. 17 Aralık'ta tüm bilgilerin sistemde olduğu belirlenirken, 8 Ocak'ta bir resmi yazışmayla tüm belgelerin buharlaştığı ortaya çıktı.
25 Aralık soruşturmasında, dosyaya bakan özel yetkili Savcı Muammer Akkaş'ın 17 Aralık 2013'te İstanbul Emniyet Müdürlüğü'ne bir yazı yazarak soruşturma şüphelilerine uygulanan teknik takibin sona erdirilmesini ve dinleme kayıtlarının imha edilmesini istediği belirlendi. 138 telefon hattı ile bazı e-posta ve FTP adreslerine yönelik uygulanan takibin sona erdirilmesi talimatı veren Akkaş, suç unsuru bulunmayan kayıtların imha işlemlerinin yapılmasını istedi.
25 Aralık sürecinde emniyet ve yargıda bazı personele yönelik başlatılan tasfiye harekatıyla görev yerleri değiştirilen polisler, suç unsuru içerdiği iddia edilen konuşmaları ve özel hayatı ilgilendiren görüşmeleri harici belleklere kopyalayarak bilgisayarları geri dönüştürülemez bir şekilde formatladı. Gizliliği bulunan resmi belgeler ise emniyet dışına çıkarıldı. Müfettiş raporlarına da yansıyan formatlama işlemi İstanbul Emniyeti'nin resmi yazışmalarına da yansıdı.