Ergenekon gerekçeli kararında, “Örgüt belgelerinden Jandarma bünyesindeki kurucularından biri Arif Doğan olan ‘JİTEM’ isimli yapılanmanın Ergenekon silahlı terör örgütü bünyesinde oluşturulmuş yasadışı bir yapılanma” olduğuna hükmedildi.
Ergenekon davasının gerekçeli kararının içinde, bugüne kadar varlığı ve yaptığı eylemler sürekli tartışma konusu olan JİTEM’le ilgili Türkiye Cumhuriyeti mahkemeleri tarafından verilmiş ilk yargı kararı da bulunuyor. Bu karara göre, “Örgüt belgelerinden ‘JİTEM’ isimli yapılanmanın Ergenekon silahlı terör örgütünün bünyesinde oluşturulmuş yasadışı bir yapılanma” olduğuna hükmedildi.
Böylece, JİTEM’in devlet tarafından kurulduğu konusunda ilk kez bir yargı kararı çıkmış oldu. Kararda, “Örgüt belgelerinden ‘JİTEM’ isimli yapılanmanın Ergenekon silahlı terör örgütünün bünyesinde oluşturulmuş yasadışı bir yapılanma olduğu anlaşılmıştır” denildi.
JİTEM, Doğu ve Güneydoğu’da faili meçhullerle anıldı. JİTEM’in faili meçhul cinayetleriyle ilgili Diyarbakır’da halen iki ayrı dava sürüyor. Ancak, JİTEM’in bir kontrgerilla ya da devlet içindeki bir örgüt hücresi olduğuna yönelik ilk karar Ergenekon’da çıktı.