Konya'da 1979'da dünyaya gelen Er, meslek hayatına yerel medyada başladı. Kanal 7 haber merkezinde 1998'de profesyonel olarak gazeteciliğe adım atan Fatih Er, medya eğitimi için gittiği Avustralya'da farklı medya kuruluşlarında çalıştı. Türkiye'ye döndükten sonra Doğan Medya grubu Star Haber'de dış haberler prodüktörlüğü ve sunuculuk görevlerini üstlendi.

TV Net ve Kanal 24'ün kurucu ekibinde dış haberler editörü ve sunucu olarak yer alan Fatih Er, 2009-2012 yılları arasında TRT'nin Kudüs muhabirliği görevini yürüttü.

Daha sonra Aljazeera Türk ekibine dahil olan Fatih Er, 2013-2014 yıllarında A Haber'de editör-sunucu ve kıdemli-muhabir olarak görev yaptı.

Türkiye'nin Uluslararası yayın yapan ilk televizyon kanalı TRT World'un kurucularından olan Fatih Er, 2014-2016 yılları arasında haber müdürlüğü ve 2017-2019 yılları arasında genel yayın yönetmenliği görevlerinde bulundu. Er, son olarak TRT İngiltere temsilciliğini yürüttü.